6 XI 1645 – król Władysław IV – na prośbę i w uznaniu zasług swego nadwornego kapelmistrza, włoskiego franciszkanina o. Vincentio Scapita de Valentia – wyraża zgodę na powstanie klasztoru franciszkanów w Warszawie.

10 V 1646 – Bp poznański Andrzej Szołdrski wraz z legatem apostolskim Janem de Torres święcą kamień węgielny i teren na rogu ulic Wójtowskiej i Przyrynek. Wkrótce potem zakonnicy zamieniają ten plac na większy przy Trakcie Zakroczymskim.

3 X 1646 – konsekracja drewnianego,zapewne niewielkiego kościoła p.w. św. Franciszka Serafickiego.

3 II 1657 – w czasie szwedzkiej okupacji miasta pierwotny kościół wraz z zabudowaniami zostaje kompletnie strawiony przez pożar wywołany podpaleniem (dokonać tego miał „heretyk”, mieszczanin zwany Kapelusznikiem, Niemiec).

4 X 1662 – 3 IX 1663 – budowa drugiej świątyni (również z drewna) pięcioma ołtarzami za gwardiana o. Ludwika Cichockiego. Dla niej następnym roku mieszczanie Stolicy ofiarowują zakupione obrazy: stygmatyzacji św. Franciszka, św. Antoniego i Matki Bożej. Nowy kościół szybko okazuje się zbyt mały dla coraz liczniej gromadzących się wiernych.

1663-65 – budowa nowego, jednopiętrowego, drewnianego klasztoru o wymiarach 9 x 18m., kierowana przez o. Cichockiego.

2 VIII 1679 – wmurowanie kamienia węgielnego pod budowę nowego kościoła za gwardiana o. Adriana Pędzikowskiego. Rozpoczęto gromadzenie niezbędnych materiałów. W międzyczasie zlecono przygotowanie planów włoskiemu architektowi, Giovanni Battista Ceroni’emu. Same prace ruszyły dekadę później, trwały kilkadziesiąt lat i były wielokrotnie były przerywane z powodu braku funduszów, epidemii nawiedzających miasto oraz toczących się wojen. Można w nich wyróżnić następujące etapy:

• 1690-97– wzniesienie prezbiterium oraz kaplic Matki Bożej i św. Antoniego (obecna zakrystia) prowadzone przez Jana Ch. Ceroniego. Hojnymi fundatorami prac byli: Adam Kotowski, stolnik wyszogrodzki, późniejszy starosta bolimowski (nie mając potomków, część swego majątku przekazał w testamencie klasztorowi) oraz król Jan III Sobieski (ówczesny gwardian klasztoru, o. Rafał Grabia, był jego nadwornym teologiem i spowiednikiem).
• 1700-04– założenie fundamentów pod filary i podciągnięcie nieco murów. Dalsze prace ustają. Przyczyną jest panująca bieda, zaraza z 1708-12 r. wyniszczająca miasto (w klasztorze pozostał żywy tylko jeden zakonnik) oraz najazd wojsk szwedzkich.
• 1713-17– budowa transeptu pod kierunkiem Józefa Fontany. Roboty ruszyły dzięki zaradności i determinacji ówczesnego gwardiana, o. Gabriela Welisewicza. Dzięki niemu również w tym okresie rozpoczyna się ponadto budowa nowego klasztoru z cegły (obecnych rozmiarów).
• 1730-50– przeprowadzenie żmudnych prac zdobniczych przy misternej, rokokowej fasadzie świątyni przez Jakuba Fontanę.

1733 – zakończenie budowy murowanego, trzyskrzydłowego klasztoru, przylegającego do korpusu kościoła i tworzącego z nim klasyczny zamknięty czworobok z wewnętrznym wirydarzem. Robotami kierował włoski architekt Antonio Solari. Wielkie zasługi w tym dziele położył długoletni gwardian, o. Gabriel Welisewicz (+23 III 1738).

29 IX 1737 – uroczysta konsekracja kościoła pw. Stygmatów św. Franciszka Serafickiego

1741 – zainstalowanie 8-głosowych organów mniejszych w kaplicy MB (obecnie nieistniejąca).przez bpa poznańskiego Stanisława Hozjusza. Następuje okres niezwykle bogatej i różnorodnej działalności duszpastersko-kulturalnej franciszkanów w Warszawie.

1746 – sprowadzenie do Warszawy – staraniem o. Michała Halkiewicza – relikwii św. Witalisa (vel Klemensa), męczennika rzymskiego z pocz. IV w.

1753-54 – wybudowanie od strony ul. Franciszkańskiej nowego skrzydła klasztoru na nowicjat, a także kaplicy św. Witalisa (projekt Antonio Solariego).

17-19 IX 1754 – uroczyste przeniesienie relikwii św. Witalisa (vel Klemensa) do nowej wydłużenie bocznych części aż do linii filarów (według projektu architekta Bonawentury Solariego).

1755 – zainstalowanie nowych organów (14-głosowych, o dwóch klawiaturach, z pedałemipozytywem skrytym o trzech głosach, z trzema miechami) przez organmistrza Wawrzyńca Zadorskiego. Owoc starań i zapobiegliwości gwardiana, o. Bonawentury Makowskiego.

1775 – przebudowa chóru świątyni – wydłużenie bocznych części aż do linii filarów (wg. projektu architekta Bonawentury Solariego).

1788 – przebudowa rokokowej fasady kościoła na klasycystyczną (projekt Giuseppe Borettiego).

1817-19 – usunięcie sprzed frontu kościoła ozdobnego, rokokowego ogrodzenia wraz z istniejącym wewnątrz cmentarzem.

1802 – dekret króla pruskiego, poddający klasztor kasacie i zsyłający zakonników do klasztoru w Warce. Wojny napoleońskie i osłabienie wpływów pruskich w Stolicy sprawiają, że franciszkanom udaje się pozostać, tracą jedynie na pewien czas część klasztoru od strony ul. Franciszkańskiej 2 (tzw. nowicjat), która zostaje przebudowana na więzienie.

1829 – przebudowanie i powiększenie organów kościoła (z inicjatywy ówczesnego gwardiana,
o. Jakuba Piaseckiego).

1835 – w części klasztoru zwanej nowicjatem (od ul. Franciszkańskiej 2) zostaje założona – staraniem o. prowincjała Jakuba Piaseckiego i za zgodą cara Rosji – jedyna w Królestwie Kongresowym Akademia Duchowna kształcąca kandydatów do kapłaństwa (w 1864 przeniesiona do obszerniejszego klasztoru pokarmelickiego przy Krakowskim Przedmieściu).

1842-45 – prace renowacyjne świątyni prowadzone dzięki środkom uzyskanym ze skarbca carskiego (odrestaurowanie większości ołtarzy, malowanie wnętrza).

1864 – kasata klasztoru jako kara za wspieranie Powstania Styczniowego. Franciszkaniezostają wyrzuceni z Warszawy i zesłani na wymarcie do klasztoru w Kaliszu. Kościół przejmuje diecezja i przeznacza na świątynię garnizonową dla katolików służących w armii carskiej. Klasztor zostaje sprzedany i zaadoptowany na różne świeckie cele (m. in. ochronkę dla dzieci, sklepy, mieszkania).

 1918-19 – na zaproszenie abpa warszawskiego, ks. Aleksandra Kakowskiego, franciszkanie po 55 latach nieobecności powracają do Stolicy. Udaje się im odzyskać tylko jedno skrzydło klasztoru (zachodnie). Lata międzywojenne to czas intensywnych renowacji i doposażania świątyni (założenie instalacji elektrycznej, ogrzewania, pokrycie kościoła blachą cynkową, zbudowanie nowych organów, konfesjonałów, odnowienie ołtarzy, odmalowanie wnętrza….), a także silnego ożywienia duszpasterstwa i działalności kulturalnej.

IX 1939 – podczas obrony Warszawy niemieckie pociski armatnie dokonują w świątyni licznych uszkodzeń (najbardziej ucierpiał transept z ołtarzem św. Antoniego).

1-30 VIII 1944 – w czasie Powstania Warszawskiego kościół i klasztor stają się miejscem schronienia dla setek uchodźców. Zakonnicy czynnie angażują się w pomocą duchową i materialną cywilom oraz powstańcom. Prowadzą kuchnię polową i punkt opatrunkowy. Udzielają się w wielu miejscach Starówki jako duchowni i sanitariusze. W tym czasie kościół i klasztor są coraz bardziej niszczone przez nieprzyjacielskie pociski.

30 VIII 1944 – zbombardowanie kościoła przez niemiecki samolot (w podziemiach ginie 40 osób.).
W dawnej części klasztoru od ul. Franciszkańskiej 2 (tzw. nowicjat.), w której mieścił się przytułek dla ok. 300 starców wypędzonych z Wielkopolski, w ostrzale i bombardowaniach ginie ok. 80 osób.

31 VIII 1944 – zajęcie klasztoru przez hitlerowców. Franciszkanie wraz z uchodźcami zostają internowani. Zrujnowany kościół i konwent stają się obiektem grabieży oraz aktów wandalizmu. W sąsiednim dawnym „nowicjacie” Niemcy palą żywcem ok. 40 niedołężnych i rannych kobiet, a budynek obracają w ruinę.

3-4 XI 1944 – o. Cezar Baran i br. Benigny Murlinkiewicz uzyskują od władz okupacyjnych pozwolenie na wejście do zburzonej Warszawy. Ze zrujnowanego kościoła wywożą ukryte wcześniej zabytkowe ornaty i paramenty liturgiczne.

20 I 1945 – powrót Franciszkanów do stolicy. Następnego dnia na gruzach przy ołtarzu św. Antoniego zostaje odprawiona pierwsza Msza św. w lewobrzeżnej Warszawie.

1945-49 – w trosce o najbiedniejszych franciszkanie wznoszą przy klasztorze obszerny barak, w którym wspólnie z wolontariuszami i Caritas obejmują codzienną pomocą charytatywną blisko pół tysiąca warszawskich dzieci i młodzieży. Ośrodek zostaje zamknięty przez władze komunistyczne.

Od 1945 – intensywna odbudowa i doposażanie świątyni: położenie nowych stropów i dachu (1945-46), posadzki prezbiterium (1945, 1948), naprawa obu wież (1948), renowacja ołtarzy bocznych (1945-63), organów (1949, 1953), instalacja dzwonów (1961), rekonstrukcja ambony (1964-66), ołtarza głównego (1973-83), odnowienie elewacji (1954; 2003; 2016), założenie izolacji przeciwwilgociowej (2004-15), modyfikacja ogrzewania (2012-14), oświetlenia (2015-16), poszerzenie placu przed kościołem (2017).
Niemal równolegle trwała również stopniowa odbudowa klasztoru: najpierw przystosowano do zamieszkania częściowo ocalałe skrzydło zachodnie (1945-46), następnie wzniesiono od podstaw pozostałe dwa skrzydła (1950-54).