6 XI 1645 – Король Владислав IV по просьбе и в знак признания заслуг придворного капельмейстера, итальянского францисканца Винченцо Скапита из Валенсии  дал разрешение на строительство в Варшаве францисканского монастыря.

10 V 1646 – Познанский епископ Анджей Шолдрский вместе с апостольским нунцием Джованни де Торресом освятили закладной камень и территорию на пересечении улиц Войтовская
и Пширынек. Вскоре монахи обменяли эту территорию на большую, на Закрочимском тракте.

3 X 1646 – Освящение небольшого деревянного храма св. Франциска Серафического.

3 II 1657 Во время Северной войны со Швецией первый храм и монастырь были полностью сожжены. Это был поджог, в котором подозревали «еретика», жителя города, шляпника немца.

4 X 1662 – 3 IX 1663 Строительство второго деревянного храма с пятью алтарями, которому жители Варшавы жертвуют купленные ими иконы: „Стигматы св. Франциска”; св. Антония
и Божьей Матери. Новый храм быстро становится мал, поскольку увеличивается число прихожан.

1663-65 При гвардиане о. Людвике Чихоцком был построен новый двухэтажный деревянный монастыря, длиной 18 и шириной 9 метров.

2 VIII 1679 – Закладка камня под строительство нового храма. Начинается сбор материалов для постройки, план храма поручают изготовить итальянскому архитектору Джованни Баттиста Керони. Но строительство началось только спустя 10 лет, длилось несколько десятков лет
и часто останавливалось из-за нехватки средств, эпидемий и войн. Можно выделить его этапы:

 – 1690-97 Постройка алтарной части храма и часовен Матери Божьей и св. Антония (сейчас это ризница) под руководством Джованни Керони. Щедрыми дарителями были: вышогрудский стольник Адам Котовский, который не имея наследников, передал часть своего имущества монастырю. А также король Ян III Собесский, чьим придворным богословом и духовником был тогдашний гвардиан о. Рафал Грабя.

– 1700-04 Закладка фундамента под колонны/пилоны надстройка стен. Строительство прервано из-за нехватки средств, чумы 1708-12 годов, когда в монастыре остался в живых один монах
и очередного нашествия шведских войск.

– 1713-17 Строительство трансепта под руководством архитектора Иосифа Фонтаны. Благодаря предприимчивости гвардиана о. Габриеля Велисевича. начато строительство нового кирпичного монастыря.

– 1728-37 Архитектор Иосиф Фонтана и его сын Якоб закончили строительство здания храма. Продолжаются работы по убранству храма благодаря щедрому пожертвованию краковского воеводы князя Ежи Доминика Любомирского, о чем свидетельствует памятная табличка с его гербом на фасаде храма с датой MDCCXXXII (1732 г.).

– 1730-50 Архитектор Якоб Фонтана тщательно отделывает декоративные элементы в стиле «рококо» на фасаде храма.

 1733 Закончено строительство трех крыльев кирпичного монастыря, который примыкал к храму образовал с ним закрытый четырехугольник со внутренним двориком. Работами руководил итальянский архитектор Антонио Солари. Большая заслуга в этом принадлежит многолетнему гвардиану монастыря о. Габриелю Велисевичу (+23 III 1738).

29 IX 1737 Торжественное освящение храма «Стигматов св. Франциска Серафического» познанским епископом Станиславом Юзефом Хозьюшем. Наступает время насыщенной
и разнообразной пастырской и культурной деятельности францисканцев в Варшаве.
1741 В часовне Божьей Матери установлен небольшой 8-голосный орган.

1746 О. Михал Халкевич привозит в Варшаву реликвию св. Виталия, римского мученика начала IV в. Ich relikwie spoczywają w sarkofagach bazyliki w Bolonii. Relikwie św. Witalisa znajdują się też w kaplicy kościoła św. Franciszka na Nowym Mieście w Warszawie, gdzie trafiły jako donacja Benedykta XIV[1]. https://pl.wikipedia.org/wiki/Witalis_i_Agrykola#cite_note-1

1753-54 Со стороны Францисканской улицы по проекту Антонио Солари строится новое крыло монастыря для послушников и часовня св. Виталия.

17-19 IX 1754 Торжественное перенесение реликвии св. Виталия в новую часовню в присутствии королевы, духовенства, сенаторов, послов, коронной гвардии и горожан.

1755 Установлены новые 14-голосные органы, построенные мастером Вавжиньцем Задорским, плод стараний гвардиана, о. Бонавентуры Маковского.

1775 Перестроена алтарная часть храма по проекту архитектора Бонавентуры Солари.

1788 Перестроен фасад храма со стиля «рококо» на «классицизм» по проекту архитектора Джузеппе Боретти.

1802 Декрет прусского короля об упразднении монастыря и ссылке монахов в монастырь в Варке. Наполеоновские войны и ослабление прусского влияния в Варшаве приводят к тому, что францисканцы остаются, потеряв на некоторое время часть монастыря на Францисканской улице, которая была перестроена в тюрьму.

1817-19 Сравняли с землей монастырское кладбище и убрали окружавшую его изгородь в стиле «рококо».

1829 Перестроены и увеличены органы храма по инициативе гвардиана, о. Якова Пясецкого.

1835 В той части монастыря, что на Францисканской улице стараниями провинциала о. Якова Пясецкого, с согласия российского императора создана единственная в Царстве Польском Духовная академия для обучения будущих священников (в 1865 году перенесена в более просторный кармелитский монастырь на Краковском Предместье).

1842-45 Обновление храма на средства, полученные из царской казны (реставрация большинства алтарей и ремонт интерьера храма).

1864 Монастырь закрывают в наказание за активную поддержку «Январского восстания» 1863 года, монахов высылают во францисканский монастырь в Калише. Храм отдают епархии, которая делает его гарнизонным храмом для католиков из Цитадели (русской крепости XIX века в Варшаве), служащих в царской армии. Здание монастыря продают и приспосабливают для городских нужд (в частности — детский дом, магазины, квартиры).

1918-19 По приглашению варшавского архиепископа Александра Каковского францисканцы возвращаются в Варшаву после 55 лет отсутствия, но восстановить им удается лишь западное крыло монастыря. Годы между мировыми войнами стали временем интенсивного обновления храма (были проведены электричество и отопление, крышу храма покрыли цинковым листом, построили новые органы и исповедальни, обновили алтари. Это было и время значительного оживления пастырской и культурной деятельности.

IX 1939 Во время осады Варшавы в начале Второй мировой войны храм сильно пострадал от артиллерийских обстрелов (больше всего трансепт с алтарем св. Антония).

1-30 VIII 1944 Во время Варшавского восстания храм и монастырь стали укрытием для сотен беженцев. Монахи без устали помогали духовно и материально повстанцам и жителям города, организовали полевую кухню и перевязочный пункт. Францисканцы служили в Старом городе как священники и санитары. Но храм и монастырь все больше разрушались от обстрелов.

 30 VIII 1944 При налете немецкой авиации от бомб в подземельях храма погибает 40 человек. 

В старой части монастыря, по Францисканской улице, где находился приют для пожилых людей, изгнанных из Познанского воеводства, от обстрелов и бомб из 300 человек погибло около 80-ти.

31 VIII 1944 Гитлеровские солдаты занимают монастырь, монахов и беженцев интернируют. Разрушенный храм и монастырь разграблены, не обошлось и без актов вандализма. В старой части монастыря сжигают заживо около 40 больных и раненых женщин, а здание разрушают.

3-4 XI 1944 – о. Цезарь Баран и брат Бенигн Мурлинкевич получают от оккупационных властей разрешение войти в лежащую а развалинах Варшаву. Они вывозят из разрушенного храма спрятанные там старинные ризы и литургические предметы.

20 I 1945 Францисканцы возвращаются в Варшаву и на следующий день, на развалинах алтаря св. Антония Падуанского служат первую в левобережной Варшаве св. Мессу после освобождения.

1945-49 В заботе о самых бедных францисканцы строят при монастыре обширный барак, где вместе с волонтерами и Каритасом ежедневно оказывают благотворительную помощь примерно пятистам варшавским детям и молодежи. Центр был закрыт коммунистическими властями.

От 1945 Интенсивная реконструкция и дооснащение храма: положены новые перекрытия
и крыша (1945-46), пол в пресвитерии (1945, 1948), отремонтированы обе башни (1948), отреставрированы боковые алтари (1945-63) и органы (1949, 1953), установлены колокола (1961), реконструированы амвон (1964-66) и главный алтарь (1973-83), восстановлен фасад (1954, 2003, 2016), установлена гидроизоляция (2004-15), переделано отопление (2012-14) и освещение (2015-16), расширена площадь перед храмом (2017).

Вместе с этим шла постепенная реконструкция монастыря: было приспособлено к проживанию частично уцелевшее западное крыло (1945-46), заново восстановлены два других крыла (1950-54)