Druga świątynia
Budowa drugiej świątyni (również z drewna) pięcioma ołtarzami za gwardiana o. Ludwika Cichockiego. Dla niej następnym roku mieszczanie Stolicy ofiarowują zakupione obrazy: stygmatyzacji św. Franciszka, św. Antoniego i Matki Bożej. Nowy kościół szybko okazuje się zbyt mały dla coraz liczniej gromadzących się wiernych.
Kamień węgielny
Wmurowanie kamienia węgielnego pod budowę nowego kościoła za gwardiana o. Adriana Pędzikowskiego. Rozpoczęto gromadzenie niezbędnych materiałów. W międzyczasie zlecono przygotowanie planów włoskiemu architektowi, Giovanni Battista Ceroni’emu. Same prace ruszyły dekadę później, trwały kilkadziesiąt lat i były wielokrotnie były przerywane z powodu braku funduszów, epidemii nawiedzających miasto oraz toczących się wojen.
Etapy budowy:
Wzniesienie prezbiterium
Wzniesienie prezbiterium oraz kaplic Matki Bożej i św. Antoniego (obecna zakrystia) prowadzone przez Jana Ch. Ceroniego. Hojnymi fundatorami prac byli: Adam Kotowski, stolnik wyszogrodzki, późniejszy starosta bolimowski (nie mając potomków, część swego majątku przekazał w testamencie klasztorowi) oraz król Jan III Sobieski (ówczesny gwardian klasztoru, o. Rafał Grabia, był jego nadwornym teologiem i spowiednikiem).
Zakończenie budowy
Zakończenie budowy murowanego, trzyskrzydłowego klasztoru, przylegającego do korpusu kościoła i tworzącego z nim klasyczny zamknięty czworobok z wewnętrznym wirydarzem. Robotami kierował włoski architekt Antonio Solari. Wielkie zasługi w tym dziele położył długoletni gwardian, o. Gabriel Welisewicz (+23 III 1738).
Prace po zakończeniu budowy:
Dekret króla pruskiego
Dekret króla pruskiego, poddający klasztor kasacie i zsyłający zakonników do klasztoru w Warce. Wojny napoleońskie i osłabienie wpływów pruskich w Stolicy sprawiają, że franciszkanom udaje się pozostać, tracą jedynie na pewien czas część klasztoru od strony ul. Franciszkańskiej 2 (tzw. nowicjat), która zostaje przebudowana na więzienie.
Akademia Duchowna
W części klasztoru zwanej nowicjatem (od ul. Franciszkańskiej 2) zostaje założona – staraniem o. prowincjała Jakuba Piaseckiego i za zgodą cara Rosji – jedyna w Królestwie Kongresowym Akademia Duchowna kształcąca kandydatów do kapłaństwa (w 1864 przeniesiona do obszerniejszego klasztoru pokarmelickiego przy Krakowskim Przedmieściu).
Kasata klasztoru
Kasata klasztoru jako kara za wspieranie Powstania Styczniowego. Franciszkanie zostają wyrzuceni z Warszawy i zesłani na wymarcie do klasztoru w Kaliszu. Kościół przejmuje diecezja i przeznacza na świątynię garnizonową dla katolików służących w armii carskiej. Klasztor zostaje sprzedany i zaadoptowany na różne świeckie cele (m. in. ochronkę dla dzieci, sklepy, mieszkania).
Powrót franciszkanów do Warszawy
Na zaproszenie abpa warszawskiego, ks. Aleksandra Kakowskiego, franciszkanie po 55 latach nieobecności powracają do Stolicy. Udaje się im odzyskać tylko jedno skrzydło klasztoru (zachodnie). Lata międzywojenne to czas intensywnych renowacji i doposażania świątyni (założenie instalacji elektrycznej, ogrzewania, pokrycie kościoła blachą cynkową, zbudowanie nowych organów, konfesjonałów, odnowienie ołtarzy, odmalowanie wnętrza….), a także silnego ożywienia duszpasterstwa i działalności kulturalnej.
Zaangażowanie podczas Powstania Warszawskiego
W czasie Powstania Warszawskiego kościół i klasztor stają się miejscem schronienia dla setek uchodźców. Zakonnicy czynnie angażują się w pomocą duchową i materialną cywilom oraz powstańcom. Prowadzą kuchnię polową i punkt opatrunkowy. Udzielają się w wielu miejscach Starówki jako duchowni i sanitariusze. W tym czasie kościół i klasztor są coraz bardziej niszczone przez nieprzyjacielskie pociski.
Zbombardowanie kościoła
Zajęcie klasztoru przez hitlerowców
Pomoc charytatywna
Odbudowa
Intensywna odbudowa i doposażanie świątyni: położenie nowych stropów i dachu (1945-46), posadzki prezbiterium (1945, 1948), naprawa obu wież (1948), renowacja ołtarzy bocznych (1945-63), organów (1949, 1953), instalacja dzwonów (1961), rekonstrukcja ambony (1964-66), ołtarza głównego (1973-83), odnowienie elewacji (1954; 2003; 2016), założenie izolacji przeciwwilgociowej (2004-15), modyfikacja ogrzewania (2012-14), oświetlenia (2015-16), poszerzenie placu przed kościołem (2017). Niemal równolegle trwała również stopniowa odbudowa klasztoru: najpierw przystosowano do zamieszkania częściowo ocalałe skrzydło zachodnie (1945-46), następnie wzniesiono od podstaw pozostałe dwa skrzydła (1950-54).
Prace remontowe i konserwatorskie trwały przez wiele lat i nadal są kontynuowane. Dzięki temu świątynia w coraz większym stopniu odzyskuje swój pierwotny blask.





